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“人类补完计划”是那个下架整个故事链中最重要的一个线索，整个故事都是围绕着这个计划进行的。
那个世界两大隐藏在幕后操控局势的机构seele、人类补完委员会与一个名叫碇源度的人共同推进着这个计划，目的是决定未来人类进化与发展的方向。
简单来说，就是人们失去个体的存在方式，所有人类打破心之壁（失去at力场），化为lcl后融合在一起，所有人的灵魂重回莉莉丝体内，从而进化出近乎于“神”的完美生命。
seele根据死海文书中所记载的内容判断：人类只有放弃个体，互相补完，才能进化为新的姿态。
而那个叫碇源度的目的则是再次与亡妻碇唯相见。
可笑的是，那个世界最后，并不是毁灭于桂冠基地市之手，而是人类补完计划。
那个人类补完计划就是一个天坑，成功的坑杀了整个世界所有的人类。
那个世界的人类最后肉体化为lcl溶液，而灵魂则飞向莉莉丝。
全世界的生命都熔铸成了一个个的光芒十字架，并且通过莉莉丝手中的黑之月回归母体，化作生命之树的初号机也进入了第二使徒莉莉丝体内。
第二使徒莉莉丝也不是个好惹的家伙，和亚当一样，同属于外来物种。
不过她降临的时间线要迟一些，在大约40亿年前，又有一颗陨石与地球进行了“摩擦式碰撞”。
陨石上有一颗名为“黑之月”的巨型球体，第二使徒莉莉丝沉睡在其中。
碰撞发生后，大部分陨石被地球引力俘获，形成了月球，而黑之月则掉落在日本区域。
而莉莉丝的体液，就是lcl溶液，那个溶液的特质，和真名本身所拥有的ap病毒结晶类似，能够存储生命力和基因样本，可以说是天启病毒最好的补全物品之一。
而生命果实的存在，则能够很好的将融汇的lcl溶液塑造出的生命个体融合，使其成有无限成长潜力的个体。
这样说似乎也不对。
准确的说，应该是这样的个体的成长极限，当初
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