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到缺额的军粮，对逃亡者多敷衍塞责，有的甚至索取贿赂，放任军士离去，以致逃亡者的数量愈来愈多。
类似的卫所体制衰退，在明朝各地都有发生，迫使朝廷在水师上也开始用募兵制作为补充手段。
但因为明朝的经济一直处于萧条状态，朝廷也不可能长期维持大规模的募兵数量。
在土地依然用于维系卫所制前提下，数额不多的粮饷是征募部队的唯一犒赏。
而且由于水军兵种的特殊化，为了断绝地方上的利益纽带，朝廷又规定所招募的部队都必须到异乡服役。
比如将相对内陆的山区壮丁，雇佣到沿海地区作战；又将广东沿海的海员，招募到福建去对付倭寇。
在戚继光的戚家军成功的同时，各种类似维系模式的军队，成为了明朝控制沿海的中坚，但其中的绝大部分，又根本无法获得戚家军才有的待遇。
譬如俞大猷平定的那场柘林水兵兵变，就是因为水兵不满于军中待遇低下，这才在接到俞大猷的北上调令后，立刻决定发起哗变。
到了万历一朝，这种情况在东南沿海地区变得极为突出。
沿海各省地方供给水军士兵的粮饷，原是出自两税征解麦米、渔税、商税、屯粮、盐利、课钞等地方税收。
一旦地方上出现偷税漏税、虚冒支领、征解不及时等现象，水军就会被拖欠军饷。
而这几种现象，在晚明又常常在沿海各省出现，因此水兵的招募和补充往往是一个难题。
到了嘉靖时期，各地开始普遍采用行营哨制，也就是抽调卫所军来补充营军。
卫所抽调出来的战士，在营中即为兵，如果战备结束，回到卫所，则仍然为卫所军。
虽然在营哨制下，官员管理人数的减少使得其更加便于管理，同时更加便于灵活的作战，但这种制度离建设战斗力强的先进水师目标却有一定差距。
“洋人都还没开这口呢，老娘娘倒先担心上了。”
朱翊钧淡笑道，
“再者，募兵治军无非是正清税源和清查虚冒军丁这两项，别的还能有甚么
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